Desde el siglo XIX Guadalajara había estado íntimamente unida al Ejército. La Academia de Ingenieros, el Regimiento de Aerostación, El Fuerte de San Francisco y los Colegios de Huérfanos habían llenado la vida el lento discurrir de esta pequeña ciudad, hasta tal punto que formaban parte importante de ella. Los cadetes de la Academia llenaban de humor, distinción y arrogancia las calles y parques de Guadalajara; la guarnición del regimiento de Aerostación, pionero de las nubes, surcaba sus cielos de globos y en sus gentes forjaba sueños en busca de realidad; el Fuerte, con su gran dosis de historia, y a través de sus talleres, ofrecía muchos puestos de ocupación; los Colegios imprimían a la ciudad un aire entrañable y juvenil, a la par que el establecimiento de muchas de sus familias ampliaba el ámbito comercial de la misma.

Tras el bombardeo del 6 de diciembre de 1936, el Palacio del Infantado sede del Colegio de Huérfanas de la Guerra queda en ruinas.

Durante tres largas décadas Guadalajara pierde a sus huérfanas. En el recuerdo de los alcarreños permanece la visión borrosa de una formación de huérfanas en tarde de domingo paseando por los extramuros de la ciudad.

Las ruinas reavivan los recuerdos, "con la desvencijada osamenta de su piedra, como un fantasma; como un esperpento al que un mal viento vaciara los ojos de casi cien ventanas y pusiera hiedra y trepadoras en los muros que compartimentaron la vida colegial".

Ha pasado mucho tiempo, pero en Guadalajara todavía hay quien rememora la estancia de las Huérfanas con todo detalle. Algunas de ellas incluso viven aún en la ciudad, recuerdan nombres y apellidos, direcciones y anécdotas de aquellos años.

Después de treinta y dos años de ausencia - en 1968 - comienza a prepararse de nuevo el abrazo entre Guadalajara y la huérfanas del Ejército. Ello supone la recuperación de un patrimonio, de una prestancia poseída y olvidada, la añoranza de viejos tiempos, el reencuentro de una ciudad que es "como un nido todavía caliente"  con una institución considerada como propia.

La reconstrucción del nuevo Colegio supone "un puente para enlazar dos tiempos sobre un vacío de seis lustros. Y un ademán de bienvenida para las nuevas colegialas hijas o, acaso, nietas de aquellas otras de anteguerra, llegadas a la ciudad por la misma circunstancia dolorosa de una descendencia de militares ausentes ya en el tiempo".

Se iniciaba así un ambicioso proyecto, con un trazado completamente moderno y funcional, que pretendía dotar a Guadalajara de un magnifico complejo Colegio-Residencia, único en su género.

El Ministerio del Ejército no escatimó esfuerzos para conseguir que las instalaciones reunieran las condiciones exigibles para albergar con la dignidad necesaria a las Huérfanas del personal del Ejército. Posteriormente fue entregado al Patronato de Huérfanos de Oficiales del Ejército.

En 1969 comienzan la obras de construcción del nuevo Colegio de Huérfanas "Maria Cristina". El espacio escogido no podía ser más emblemático: antiguos terrenos pertenecientes al Ejército que, tras una época de florecimiento, habían sufrido las secuelas de la guerra y se hallaban en la actualidad en estado totalmente ruinoso.

En la parte posterior de los terrenos de la antigua Academia de Ingenieros, conocida como Cuartel de San Fernando, concretamente sobre el solar de la llamada "Huerta de la Academia", a escasamente cien metros de las antiguas sedes de los Colegios de Huérfanos de la Guerra, el Palacio del Infantado y el Cuartel de San Carlos, se decidió levantar el nuevo edificio, contribuyendo a la vez a la urbanización de la zona del Cementerio Municipal que, pese a su cercanía al centro urbano , se encontraba agreste y deshabitada.

El Colegio fue levantado gracias a la decisión del entonces Jefe del Estado general Franco, que acogió y patrocinó la propuesta del ministro del Ejército a instancias del teniente general Galera Paniagua. La redacción del proyecto corrió a cargo de una Comisión designada por la Comandancia Central de Obras y la ejecución por el Servicio Militar de Construcciones.

Poco antes de terminarse las obras, el ministro del Ejército D. Juan Castañón de Mena realizó una visita a Guadalajara acompañado del teniente general Galera Paniagua, presidente del Patronato de Huérfanos; del teniente general  Crilloche; del general Campora, director general de Obras y Fortificaciones; del general Escandella y otras destacadas autoridades. En la ciudad era esperado por el gobernador civil, Montoliu y Carrasco; el gobernador militar coronel Garriga, y el alcalde Lozano Viñes.

Para llevar a cabo esta obra se contó con el importe de la venta en pública subasta del edificio del Colegio en Aranjuez, que se hallaba a disposición de la Junta Central de Acuartelamientos; unos créditos que la Dirección General de Fortificaciones y Obras había reservado a su favor y un dinero prometido por el Ministerio de Educación y Ciencia y por la Delegación Nacional de Deportes al Patronato de Huérfanos.

El edificio consta de seis bloques independientes, de diferente número de plantas y ubicados de tal forma que todos ellos están unidos entre si por una planta baja cubierta, que comprende un gran vestíbulo y una galería acristalada que rodea a un patio central, el llamado "patio chino", y diversos locales como hogares, almacenes, etc... Esta solución permite que tanto la alumnas como las religiosas de la Comunidad puedan desplazarse desde un edificio a otro, circulando siempre por los locales cubiertos y dotados de calefacción, algo de lo que, sin duda, se carecía en Aranjuez.

Visto desde el acceso principal, el conjunto está formado por un edificio central de dos plantas, donde están las oficinas de administración. A la derecha, dos edificios: uno que reúne los comedores, cocina y dormitorios, con capacidad para 500 alumnas, distribuidas en 97 camaretas individuales, 8 dobles, y las de los monitores. A la izquierda están el Salón de Actos-Capilla, el edificio de Primaria, y el de la Comunidad, enfermería, lavandería y sala de calderas. Cuenta con diversas instalaciones deportivas, gimnasio y 2 piscinas, una cubierta y otra exterior.

El 24 de octubre de 1971 se realiza la inauguración del Colegio de Huérfanas de Oficiales del Ejército. Asistieron al acto el obispo de la Diócesis de Sigüenza-Guadalajara, Doctor Castán Lacoma; el teniente general Vives Camino, el general Lozano Moreno de la Santa, Presidente del Patronato de Huérfanos del Ejército; el gobernador militar; alcalde de la ciudad Sr. Rama; general presidente  de la Asociación de Cristinos; coronel del Tercio de la Guardia Civil; directores de los Centros docentes de la Ciudad y otras representaciones de organismos provinciales y locales.

La inauguración del Colegio-Residencia de Huérfanas tuvo gran resonancia en el ámbito local. desde hacia años, las autoridades locales gestionaban la mayor presencia de unidades u organismos militares en la ciudad, sabedores de la beneficiosa repercusión de éstas en la exigua economía local, y del realce y prestigio que para la ciudad suponían estos huéspedes.

Con tal motivo en la prensa de la época se da la bienvenida a las huérfanas con estas palabras:

 "En cuanto a vosotras, huérfanas, bienvenidas a la casa vieja con sabor de hogar. Bienvenidas a esta Guadalajara que guardó siempre un latido entrañable, a despecho de incomprensiones y ausencias. La ciudad, recuperándoos otra vez, recupera una parte muy querida de un pasado al que no ha renunciado ni renunciará nunca".

El 8 de Noviembre de 1972 Doña Carmen Polo, esposa del entonces Jefe del Estado, general Franco, realiza una visita al Colegio Maria Cristina. En esa ocasión es acompañada por su hija la marquesa de Villaverde, el ministro del Ejército y el presidente de la jefatura de Patronatos de Huérfanos, teniente general D Angel Ramirez de Cartagena y Marcaida.

El colegio, aunque tenia capacidad para 500 alumnas, se abrió con tan sólo 328. Funcionaba como un colegio-internado con profesorado propio para las distintas materias. Inicialmente se enseñaba Educación Preescolar, Educación General Básica y Bachiller Elemental. Estaba legalmente reconocido para la enseñanza hasta ese nivel. Además funcionaba como un Colegio Menor, para alumnas de 5º y 6º de bachillerato y C.O.U., así como para alumnas de Magisterio y A.T.S.

Durante los primeros años de su funcionamiento, al llegar el verano se organizaba una Colonia veraniega en el Castillo de Santa Cruz, a la que asistían las alumnas que lo deseaban en dos turnos, que se alternaban con los de los colegios masculinos.

Dedicado especialmente a la educación de las huérfanas, desde su fundación ha admitido a hijas del personal militar en activo o en la reserva de todos los Ejércitos, en calidad de pensionistas.

En 1980 la Comunidad Religiosa de monjas de la Sagrada Familia que lo regentaba se vio obligada a retirarse del Colegio. La disminución de efectivos humanos y económicos dificultaban cada día mas su permanencia al frente de esta humanitaria labor.

En ese momento el Colegio pasó a ser regido por una Directora, Licenciada Universitaria, hasta que en 1981 volvió a ostentar la dirección del Centro, como antaño, un coronel del Ejército. Ese mismo año, con ocasión de la fusión de todos los Patronatos del Ejército en uno solo, el edificio pasó a depender del Patronato de Huérfanos del Ejército de Tierra.

En el mes de Septiembre de 1982, gracias a un acuerdo entre el Departamento de Acción Social del Ministerio de Defensa y el Ministerio de Educación y Ciencia, se pone en funcionamiento, en el propio recinto de "Maria Cristina", un Centro de Educación General Básica de ocho unidades. Se constituye así el Complejo Internado-Colegio "Maria Cristina", bajo dirección de un coronel y la administración de un comandante o teniente coronel. La Dirección y profesorado de E.G.B. del Colegio se cubriría con personal designado por el Ministerio de Educación, y el internado para huérfanas e hijas de asociados estará a cargo del Patronato de Huérfanos.

Actualmente el Centro es una residencia mixta que acoge a alumnos de Educación Primaria, que estudian en el Colegio público que se encuentra en el propio recinto residencial. Además también es residencia femenina para alumnas de Educación Secundaria. Finalmente acoge también a universitarias, alumnas de cursos de postgrado, masters, doctorado y oposiciones a distintos cuerpos de la Administración Pública.